一、Kibron軟件端操作
Kibron(Delta?Manager / FilmWareX)僅能查看、繪圖,沒有曲線合并、AUC計(jì)算按鈕,所有統(tǒng)計(jì)計(jì)算必須導(dǎo)出原始時(shí)序數(shù)據(jù)后在外部軟件完成。
1. 打開源文件,確認(rèn)目標(biāo)曲線采樣間隔、總掃描時(shí)長(zhǎng)完全一致;時(shí)間軸不一致無法直接合并。
2. 不要導(dǎo)出Summary匯總報(bào)表,匯總報(bào)表只輸出單點(diǎn)穩(wěn)態(tài)張力,丟失完整動(dòng)態(tài)時(shí)序點(diǎn)。
3. 導(dǎo)出原始Raw數(shù)據(jù):
- Delta?8/12高通量:報(bào)告?導(dǎo)出,選擇Raw data原始模式,導(dǎo)出CSV,包含時(shí)間、表面張力兩列,整板可以一次性批量導(dǎo)出多曲線CSV文件。
- EZ?Pi / FilmWareX單通道:選中單條曲線,F(xiàn)ile?Export?CSV,逐條導(dǎo)出重復(fù)曲線;每條曲線一個(gè)csv文件。
4. 數(shù)據(jù)預(yù)處理:導(dǎo)出后刪除測(cè)試開頭探針接觸液面的劇烈抖動(dòng)異常行;所有樣品截取統(tǒng)一的時(shí)間起止區(qū)間。
二、多條重復(fù)曲線合并統(tǒng)計(jì)(外部軟件)
目的:將多條技術(shù)/生物學(xué)重復(fù),按時(shí)間點(diǎn)對(duì)齊,得到平均曲線、標(biāo)準(zhǔn)差SD、RSD。
1. Origin
將全部CSV導(dǎo)入工作表,X列為時(shí)間,每條重復(fù)曲線張力作為獨(dú)立Y列。
選中全部Y列,執(zhí)行Statistics?Row Statistics,按行運(yùn)算,輸出每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的均值、標(biāo)準(zhǔn)差,得到帶誤差的平均曲線。
2. GraphPad Prism
新建XY表格,X填入時(shí)間,每一列粘貼一條重復(fù)曲線的張力;軟件自動(dòng)按X對(duì)齊,直接生成Mean±SD合并曲線。
3. Python
pandas讀取全部csv,按time分組聚合,計(jì)算mean、std,輸出合并后數(shù)據(jù)表。
三、批量計(jì)算AUC(梯形積分)
AUC代表0到指定時(shí)間區(qū)間,時(shí)間?張力曲線下面積,統(tǒng)一使用梯形法trapezoidal,Kibron軟件無此功能。
1. Origin
單條:Analysis?Mathematics?Integrate,梯形積分,設(shè)置統(tǒng)一X起止。
批量:使用OriginLab腳本循環(huán)讀取csv文件,調(diào)用積分函數(shù),批量輸出AUC結(jié)果表格。
2. GraphPad Prism
XY數(shù)據(jù)表,Analysis?Area under curve,選擇Trapezoidal,設(shè)置統(tǒng)一起止時(shí)間,直接輸出每條曲線AUC與SD。
3. Python批量(適合上百條曲線)
核心代碼片段
import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.read_csv("sample.csv")
auc = np.trapz(df["SurfaceTension"], x=df["Time"])
循環(huán)讀取文件夾下全部csv,將AUC結(jié)果匯總輸出Excel。
四、關(guān)鍵注意事項(xiàng)
1. 積分起止時(shí)間必須全部樣品統(tǒng)一,AUC才有橫向?qū)Ρ纫饬x。
2. 禁止用截圖圖片求面積,圖片像素誤差大,必須使用導(dǎo)出CSV原始數(shù)值。
3. 明顯漂移、嚴(yán)重抖動(dòng)的異常曲線,先做離群剔除,再做合并與AUC計(jì)算。
4. 不要使用測(cè)試前期探針擾動(dòng)的不穩(wěn)定片段,預(yù)處理階段統(tǒng)一截?cái)唷?
